人間ドック費用は経費にできる？一人社長と個人事業主の判断基準

「健康診断や人間ドックの費用は経費にできるのか」。一人社長や個人事業主から、よく出る質問です。

結論は「誰が、どんな体制で受けるか」で変わります。同じ人間ドックでも、経費にできる場合と、難しい場合があります。

本記事は国税庁の通達や質疑応答事例をもとに、立場ごとに整理します。一般的な情報のため、個別の判断は税理士や所轄の税務署にご確認ください。

1. 人間ドック費用を経費にできるかは「誰が・どんな体制で受けるか」で変わる

まず全体像です。立場によって扱いが分かれます。

立場	費用の扱い	主なポイント
一人社長（役員のみ・従業員なし）	福利厚生費と断定しにくい	「役員だけが対象」に当たりやすい
従業員がいる法人	要件を満たせば福利厚生費	全員が受診でき会社が費用を負担
個人事業主本人	必要経費は難しいと考えられる	事業との直接の関係を区分しにくい
個人事業主＋従業員	従業員分は経費にできる可能性	法人の考え方からの類推

大切なのは、2つの制度を分けて考えることです。

• 福利厚生費・必要経費は「受診の前の体制」で決まります。
• 医療費控除は「受診の結果」で決まります。

この違いを押さえると、混乱しにくくなります。

2. 一人社長（役員のみ・従業員ゼロ）の人間ドック費用は経費にできるか

一人社長の場合、「福利厚生費にできる」と安易には言えません。理由は、税務上の2つのリスクです。

リスク1：給与として課税される可能性

会社が負担する福利厚生的な利益は、原則は課税しなくてよいとされています。ただし例外があります。

「その額が著しく多額」の場合と、「役員だけを対象として供与される場合」は、課税の対象になり得ます（出典: 国税庁 所得税基本通達36-29）。

一人社長は従業員がいません。受診の対象が、役員本人だけになりがちです。

そのため「役員だけを対象」という例外に、構造的に当たりやすいのです。この場合、費用が給与とみなされ、課税される可能性があります。

リスク2：会社の損金にもできない可能性

役員へ継続的に与える利益のうち、「毎月おおむね一定」のものは、定期同額給与として損金に算入できます。それ以外は損金に算入できません（出典: 国税庁 No.5202 役員に対する経済的利益）。

なお、このページに人間ドックの直接の記載はありません。ここは一般原則からの当てはめです。

年1回の人間ドックは「毎月おおむね一定」ではありません。仮に給与と認定されると、会社の損金にもできない可能性があります。

つまり、個人に課税され、会社も損金にできない、という二重の不利益が起こり得ます。

一人社長の人間ドックは、リスクのある領域です。処理の前に、税理士や税務署へ個別にご確認ください。

3. 従業員がいる法人なら全員を対象にすれば福利厚生費にできる

従業員がいる法人は、条件を満たせば福利厚生費にできます。

国税庁の質疑応答事例では、次の場合に給与課税しなくてよいとされています。「一定年齢以上の希望者は全て受診でき、かつ受診者全員の費用を会社が負担する」場合です（出典: 国税庁 質疑応答事例「人間ドックの費用負担」）。

一方、役員や特定の地位の人だけを対象にすると、課税の問題が生じます。

事例では、全従業員に春と秋の2回の健康診断を行っています。あわせて、35歳以上の希望者全員に人間ドックを実施しています。

要件を整理すると、次のようになります。

• 一定年齢以上の希望者全員が受診できる
• 受診者全員の費用を会社が負担する
• 役職や地位で対象を区別しない
• 金額が常識的な範囲におさまっている（通達36-29の「著しく多額」に当たらない）

年齢での線引きは認められています。一方で、役職や地位による差別は認められません。ここが分かれ目です。

4. 個人事業主本人の人間ドック費用は必要経費にできるか

個人事業主本人の人間ドックは、必要経費にするのは難しいと考えられます。

必要経費と家事の費用が混ざったものを「家事関連費」といいます。これが必要経費になるのは、業務に直接必要と明らかに区分できる部分だけです。（出典: 国税庁 No.2210 必要経費の知識 ／ 所得税基本通達45-1・45-2）。

人間ドックは、事業主自身の身体のためのものです。事業との直接の必要性を、明確に区分するのは容易ではありません。

そのため、一般的には必要経費にしにくいと考えられます。

ただし、注意点があります。「個人事業主本人の人間ドックは必要経費にできない」と明言した国税庁の事例は、確認できません。

ここで述べたのは、あくまで一般原則からの当てはめです。個別の判断は、税理士にご確認ください。

なお、福利厚生費は一般的な会計実務では、従業員のための費用とされます。事業主本人はその対象になりにくい、という点もあわせて押さえておくとよいでしょう。

5. 個人事業主が従業員を雇っている場合の扱い

個人事業主が従業員を雇っている場合、従業員のための人間ドック費用は、必要経費にできる可能性があります。

考え方は、法人の福利厚生費と同じ方向です。一定年齢以上の希望者全員が受診でき、事業主が費用を負担する、といった体制を整えることが前提になります。

ただし、これは法人向けの質疑応答事例の考え方からの類推です。個人事業主を直接の対象にした国税庁の事例として、確認したものではありません。

また、事業主本人の分は、第4章のとおり難しいと考えられます。従業員分と本人分は、分けて考えることが大切です。

6. 「医療費控除」と「必要経費・福利厚生費」は別物

ここは、混同されやすいポイントです。2つの制度を切り分けます。

• 医療費控除：個人の所得税の制度。1年間に払った医療費が一定額を超えると、所得控除を受けられます。
• 必要経費・福利厚生費：事業の経費の制度。

人間ドックなどの健康診断は、治療を伴いません。そのため原則として、医療費控除の対象外です。

ただし例外があります。健康診断で重大な疾病が見つかり、引き続き治療をした場合です。この場合は、その健康診断の費用も、医療費控除の対象になります（所得税基本通達73-4）。

（出典: 国税庁 質疑応答事例「人間ドックの費用」 ／ No.1122 医療費控除の対象となる医療費）

軸の違いを、一言でまとめます。

• 医療費控除は「受診の結果」で決まります。
• 福利厚生費・必要経費は「受診の前の体制」で決まります。

7. 勘定科目と仕訳例（法人・個人事業主それぞれ）

仕訳の一例です。ここでは人間ドック代を50,000円と仮定します。実際の支払額に置き換えてください。勘定科目は、顧問税理士の方針で変わることがあります。

法人：福利厚生費にできる場合

会社の口座から直接支払い、領収書を保管します。

借方	貸方
福利厚生費 50,000円	現金預金 50,000円

法人：役員のみで給与とみなされる場合

費用が給与として扱われる可能性があります。この場合は、源泉徴収の対象になり得ます。処理の前に、税理士へご確認ください。

個人事業主：従業員分を福利厚生費とする場合

借方	貸方
福利厚生費 50,000円	現金預金 50,000円

個人事業主：本人分

原則として必要経費にしにくいため、事業用の口座から出した場合は「事業主貸」で処理するのが一般的です。

借方	貸方
事業主貸 50,000円	現金預金 50,000円

8. 税務調査で否認されないためにできること

否認のリスクをなくすと言い切れる方法はありません。ただし、要件を説明しやすくする備えはあります。一般的な備えとして紹介します。

• 健康診断や人間ドックの取扱いを、福利厚生規程などに定めておく
• 対象者・年齢基準・費用負担の範囲を、文書で明確にする
• 全従業員への案内（周知）の記録を残す
• 会社や事業の口座から直接支払い、領収書や明細を保管する
• 立替払いのときは、精算の記録を残す
• 特定の役員や地位の人だけが対象にならないよう運用する

これらは、あくまで説明をしやすくするための備えです。制度上の条件そのものではありません。必要な対応は、個別の事情で変わります。判断に迷うときは、税理士にご相談ください。

9. よくある質問

一人社長でも人間ドック費用を福利厚生費にできますか？

断定はできません。従業員がいないと、受診の対象が役員本人だけになりやすいためです。通達36-29の「役員だけを対象」に当たりやすく、給与課税や損金不算入のリスクがあります。個別に、税理士や税務署へご確認ください。

従業員がいれば無条件に経費にできますか？

無条件ではありません。一定年齢以上の希望者全員が受診でき、費用を会社が負担する、といった要件を満たすことが前提です。役職や地位で対象を分けると、課税の問題が生じます。

個人事業主である自分の人間ドック代は経費になりますか？

一般的には難しいと考えられます。事業との直接の関係を区分しにくいためです。ただし「経費にできない」と国税庁が明言した事例は確認できません。個別に、税理士へご確認ください。

人間ドックの費用は医療費控除の対象になりますか？

原則は対象外です。治療を伴わないためです。ただし重大な疾病が見つかり、引き続き治療をした場合は、その人間ドックの費用も医療費控除の対象になります。

領収書が個人名義だと経費にできませんか？

名義だけで一律に決まるとは言えません。大切なのは「どんな体制で受けたか」です。名義や支払方法は、証跡として整えておくとよいでしょう。個別の判断は、税理士にご確認ください。

10. まとめ：あなたの立場別チェックリスト

最後に、立場ごとの確認ポイントです。

立場	確認ポイント
一人社長（役員のみ）	受診の対象が役員本人だけになっていないか／給与課税・損金不算入のリスクを税理士に確認したか
従業員がいる法人	一定年齢以上の希望者全員が受診できる体制か／会社が費用を直接負担しているか／役職や地位で対象を区別していないか／福利厚生規程や周知の記録を整えたか
個人事業主本人	本人分は原則として難しいと理解しているか／医療費控除の対象になる状況か（重大な疾病の発見と治療）を確認したか
個人事業主＋従業員	従業員分と本人分を分けて考えているか

人間ドックの費用は、「誰が・どんな体制で受けるか」で扱いが変わります。自分の立場を確認し、迷う点は専門家に相談することが、安心につながります。

本記事は一般的な情報です。税制の適用は、個別の事情で変わります。実際の処理は、顧問税理士や所轄の税務署にご確認ください。

参考（出典）

以下は本記事の主な出典です。

• 所得税基本通達36-29（給与等に係る経済的利益）: https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/05/03.htm
• 国税庁 質疑応答事例「人間ドックの費用負担」: https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/gensen/03/03.htm
• No.5202 役員に対する経済的利益: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5202.htm
• 国税庁 質疑応答事例「人間ドックの費用」: https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shotoku/05/09.htm
• No.1122 医療費控除の対象となる医療費: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122_qa.htm
• No.2210 必要経費の知識: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2210.htm
• 所得税基本通達45-1・45-2（家事関連費）: https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/07/01.htm
• 所得税基本通達73-4（重大な疾病発見後に治療した場合の健診費用。上記「人間ドックの費用」質疑応答事例で参照）